Иван Перфильевич Елагин оставил глубокий след в российской истории. Он добился больших успехов на государственной службе, возглавлял Российскую академию. В период правления Екатерины был в фаворе: она вернула его из казанской ссылки, поручила ему руководить придворным театром. Со своей стороны, он помогал ей в стихосложении и писательстве, так как был известен как писатель, автор сатир, лирических произведений и переводчик с французского. Его перу принадлежит "Опыт повествования о России", один из первых трактатов, посвященных национальной истории. На покой Иван Елагин отправился в чине действительного статского советника, обер-гофмейстера, имея около полутора тысяч душ крепостных. 

Однако даже в советских изданиях к краткому перечислению его достоинств всегда добавлялось слово: масон. Будучи выдающимся человеком, Иван Елагин и в российском масонстве стал крупным деятелем, добившийся учреждения в России первой Великой ложи. 

В масонство И.Елагин вступил в 1750 году из любопытства и, не увидев в нем ничего, кроме ритуальной помпезности, быстро охладел к нему. Следующим увлечением были французские энциклопедисты-просветители, поразившие его своим безбожием. Чтение французских философов не сделало И.Елагина атеистом, а имело противоположный эффект - он стал задумываться о мироздании, проблемах добра и зла, тайнах бытия. Это привело его обратно в ложи, где он уже стал искать общения с людьми, "состарившимися в масонстве". Где-то в середине 60-х годов XVIII века он встретился с каменщиком из Англии, которой открыл ему, что тайны мироздания известны английским масонам и хранятся с особой ложе в Лондоне. 

Это вдохновило И.Елагина, который стал ревностным масоном, посещал несколько лож и быстро выдвинулся на первые роли. К этому времени относятся его контакты с Великой лондонской ложей, откуда он в 1767 году получает патент на работу в семи степенях Йоркского или Ново-английского ритуала. Патент был подписан тогдашним Великим Мастером Лондонской Великой ложи герцогом Бофортом. 

В 1771 году в Россию приезжает бывший гофмейстер принца Брауншвейгского фон Рейхель, который учреждает в Санкт-Петербурге ложу "Аполлона", работавшую по шведско-берлинской системе, называвшейся Циннендорфской. В ложе состояли почти исключительно иностранцы. Уже тогда позиции И.Елагина в среде петербургских масонов было таково, что фон Рейхель почти сразу по приезде постарался заручиться его согласием. 

Активность Рейхеля испугала англичан и они наконец согласились на открытие в России первой Великой ложи. Ложа была учреждена 26 февраля 1772 года, сам И.Елагин стал "Провинциальным Великим Мастером всех и для всех русских". Это означало, что теперь для учреждения лож не нужно обращаться в Лондон, выдать патент может Великая ложа России. Впервые в России возникла регулярная национальная масонская система. Учение Вольных Каменщиков стало принимать отчетливые российские черты. 

Очень быстро авторитет российской Великой ложи стал столь высок, что без ее согласия стало невозможно открыть даже ложу Циннендорфской системы. Под эгидой елагинской Великой ложи работали ложи "Девяти муз", "Урания", "Беллона" в Петербурге, ложа "Клио" в Москве, военная ложа "Марс" в Яссах. 

Однако активность Рейхеля ни чем не уступала елагинской. Несмотря на стесненные финансовые обстоятельства, в которых оказались в России ложи Циннендорфской системы, в 1774 году в Петербурге открываются ложи "Горус", "Латона" и "Немезида", в Ревеле (Таллин) - ложа "Изида", в Риге - ложа "Аполлон". Обе системы развивались динамично, благодаря соперничеству. 

В 1776 году произошло объединение елагинских и рейхлевских лож, и хотя И.Елагин пообещал отказаться от английской системы, Циннендорфская система так и не смогла укорениться в России. В результате объединения под сенью елагинской Великой Провинциальной ложи начали работать 18 лож, российское масонство стало единым. 

Причина объединения лежала в том, что И.Елагина перестал удовлетворять уровень связей с английскими ложами. Особенно его заботил тот факт, что лондонская ложа прислала в Россию необходимые документы, о которых И.Елагин неоднократно просил. Их отсутствие препятствовало дальнейшему развитию. 

Деятельность объединенных лож прекратилась в 1784 году. Решение об этом было принято самим Елагиным с согласия членов лож. Императрица отреагировала на это с благосклонностью и выразила свое удовольствие в связи с тем, то "при настоящих политических отношениях" прекратятся контакты российских масонов с зарубежными братьями. 

Елагинские ложи возобновили работы через два года, в 1786 году, когда уже шли  гонения на московских масонов. Работы велись по Йоркскому ритуалу. Основой для них стал труд самого И.Елагина "Учение древнего любомудрия", в котором им было собрано самое ценное из многих масонских книг, имевшихся тогда в России. 

Иван Перфильевич Елагин умер в 1794 году.